法国科学院的前身为1666年科尔贝尔创建的一个学会。

1699年，法国国王路易十四亲自颁布了皇家科学院正式章程（即著名的1699年章程），并在王室的赞助下改组学会，将皇家科学院地址移至卢浮宫。1793年，法国大革命时期，国民公会即共和政府取消了皇家成立的所有科学院和其他王室学会。1795年，由新建国立研究院的一个分支机构接管了皇家科学院的工作，成立了国家科学与艺术学院，这时的研究院分为3大学部，即：物理和数学科学部、伦理和政治科学部、文学和艺术部。1803年又把3个学部调整为4个学部，即：物理和数学科学部、语言和法国文学部、历史和古典文学部、美术部。1805年，国家科学与艺术学院迁至塞纳一马恩省河左岸的“四国学院”，此即为今日法兰西研究院院址。1816年又恢复了革命前的皇家科学院，即法兰西学院、志铭和纯文学学院、自然科学院、美术学院，1832年又增加了伦理和政治科学院。这五个科学院共同组成了法兰西科学院，即法国科学院。从历史上看，欧洲大陆国家的科学院大多是仿法国建立的。法国科学院拥有世界上第一批国家科学院院士。他们开拓了以皇家名义、集中全国乃至国际上在各学科领域享有很高声誉的优秀科学家的先河，极大地推动着法国乃至世界科学的发展。据学者统计，从1789年到1800年，在世界58项重大科研成果中，法国就有23项，占总数的40%。同期，英国则为13项，德国为6项。

法国科学院的组织机构：

法国科学院实行的是理事会领导下的管理机制。理事会下设执行委员会（执行委员会由25个成员组成），管理委员会（主要处理一些财物方面的问题），还有3个局，或者叫部门（国际事务局、科学信息和联络局、教育局）。此外还有院士大会这样的机构。

法国科学院设立了两个重要的独特机构，即：科学院应用委员会和科学院国际联系机构。应用委员会的任务是研究与经济、社会要素及生产状况相关的科学政策问题，代表负责科学院与外国工程科学院及外国同类机构的联系，并定期向科学院国际关系代表报告工作。

（1）院士的权利：首先是就科学的发展及其在社会的作用提出建议，其次是发展国际科学合作关系，第三是提高教育系统在各个阶段的科学教育质量并提出建议，面向社会公众，搞好科学普及工作，关注法语科学语言的质量等。

（2）院士的义务：出席每周一次的例会，参加专门委员会或工作组的工作，参加科学讨论会、出席科学院大会，并在大会上提出自己的独创性研究成果和综合性报告，以及当前发展报告等。参加秘密委员会会议、所属部门会议以及院行政局认为院士需要出席的其他各类相关会议。

（3）鼓励研究人员向科学院宣布自己新的、重大的研究成果，并将其在《科学院报告》上发表。

法国科学院院士（包括外籍院士）增选一般每年一次。在选举前，首先是确定新院士职位名额及所属的科学领域，由执委会和管理委员会组织专门会议征求意见，研究决定院士增选计划。这需要执行委员会首先提出建议，再提交院士大会投票确定。大多数职位是在现有学部内产生的，但也有一些职位属于特殊的、多学科领域（如材料、纳米科学、基因组学等）。

对于每个公开的院士职位，首先是执行委员会审议，然后是院士大会审议。要确定是否符合年龄限制，即必须符合其中一半以上的候选人必须是55岁以下的规定。另外要设立增选工作委员会。增选工作委员会由某一个学科组所有的院士以及50%来自其他7个学科组的院士组成。这些委员会的组成情况要提交院士大会审议。该委员会只有在达到其应参会人数的2/3时，才能进行审议决定。

在大会投票前，首先由增选工作委员会进行排序，然后，排序建议提交给大会投票。至少在各排序建议收到一周之后，科学院才进行选举投票。选举投票的法定人数须达到应参加选举人数的60%（包括满足规定的代理投票人数）。只有达到60%的法定人数的时候，才能进行表决。只有75岁以下的院士才能够通过秘密内部会议进行投票，且每一位院士对每个候选人的投票都是保密的。投票结束后，获参会者多数以上赞成票的候选人被宣布当选。所有的入选者都须提交共和国总统批准。新当选的院士可以选择8个学科组之一参加活动。选举如果未达到法定人数，将在同样的法定人数条件下进行通讯投票选举。如果这次投票后仍然还是未能达到法定人数，那么有关席位将返交科学院，待下届会议处理。

外籍院士选举和本国院士同样，候选人的所有提名均须由法国科学院院士或在职外籍院士提出，每个提名均需提供推荐资料。每年年初，科学院将根据执行局的提议在秘密会议上确定是否召开外籍院士选举会议。

对外籍院士的投票法定人数，也均要求达到60%以上，获参会者半数以上选票的候选人当选。外籍院士入选也需经共和国总统批准。

（1）法国科学院本身：法国科学院不管理实验室，也不从事科学研究，可以说是个完全独立的科技咨询机构。

（1）法国现在还没有咨询方面的立法，也没有订立专门的咨询制度，但从共和国总统、政府部门到社会公众均非常重视科学院的咨询工作。

自18世纪以来，鼓励科学家的创新研究一直是科学院的重要内容。每年科学院都要在学院的圆顶大厅举行颁奖仪式，颁发各类奖项。颁发奖项是法国科学院的年度大事。奖励中最有影响的奖项为法国最高科学荣誉奖。其他的奖项主要包括：

学院金质奖（Grande medaille d'or de I'Académie）为最重要之奖项，由自然科学学院与法兰西研究院所属的122个基金会于1996年创设。金质奖每年一名，颁给在重要科学领域有创新研究与重大影响的科学家，由自然科学学院的“数学、物理及其应用”与“生物、化学、医学及其应用”两个分部轮流授奖。2002年的获奖者为在细胞生物学领域有革命性贡献、现于美国进行研究的生物学家萨巴提尼（David Sa-batini）。

主题奖（Prix thematiques）分为数学、物理、机械科学、宇宙科学、化学、细胞与分子生物学、动物与植物生物学、人体生物学与医学等领域奖以及一般主题奖。

科学院院刊——《科学院报告》，于1835年创办，现已成为介绍法国与其他国家科学研究成果的最重要刊物。《科学院报告》按学科分3册，每年各40期。

《法国科学院通讯》是科学院出版的季刊。主要刊登科学院发展和回顾性文章，一般由院士撰写。其中多数主题与科学院近期出版的报告或会议有关。相关主题有：干细胞和细胞治疗，晶体、温室效应，天文学，化学，植物，脑科学，科学史，世界物理年，地球科学，传染病等。

《科学院新闻》月刊和《科学生活》双月刊，用来发布科技消息、科技政策研究论文及其他有关科技与社会关系方面的报告。

此外，每周一下午，科学院都要举行公开周会，组织院士、外籍院士或邀请外界专家包括途经巴黎的外国专家学者作学术讲演或介绍重大科技事件等。